Ang Japanese Orthodox Church, autonomous body ng Eastern Orthodox Church, sa pakikipag-ugnay sa kanonikal sa patriarchate ng Moscow, na kinumpirma ang pagpili ng metropolitan ng Tokyo. Ang Japanese Orthodox Church ay nilikha ng mga pagsisikap ng isang natatanging misyonero, si Nikolay Kasatkin (1836–1912), na naging unang Orthodox archbishop ng Japan at na-canonized isang santo noong 1970.
Mula nang pasimula ang misyon (1872), ang simbahan ay hindi kailanman nakasalalay sa mga tauhang misyonero ng dayuhan. Ang mga pari ng Hapon ay inorden pagkatapos na sanay sa isang seminaryo sa Tokyo, at ang isang pagpupulong ng mga klero at pag-iisa ay nasa buong kontrol sa mga gawain ng simbahan. Ang katutubong katangiang ito ng Orthodoxy ng Hapon ay pinahihintulutan nitong mabuhay ng maraming mga pagsubok sa politika at mga panahon ng paghihiwalay, tulad ng Russo-Japanese War at ang dalawang World Wars. Sa pagitan ng 1945 at 1970 ang simbahan ay nasa ilalim ng nasasakupang hurisdiksyon ng Russian metropolitanate ng Amerika. Noong 1970 nakatanggap ito ng isang permanenteng awtonomiya na batas mula sa patriarchate ng Moscow, ang simbahan ng ina nito. Ang katedral ng Orthodox ng Tokyo — na tinawag na Nikolay Cathedral, para sa tagapagtatag nito, si Nikolay Kasatkin — ay isa sa pinakamalaking mga gusaling pang-relihiyon sa kabisera ng Japan. Ang simbahan, na may bilang na 30,000 mga miyembro, ay mayroong mga dioceses sa Tokyo, Kyōto, at Sendai.
