Pag-uuri ng "likas na character"
Hindi isinasaalang-alang ni Linnaeus ang sistemang sekswal na siyang pangunahing ambag tungo sa "repormasyon ng botani" na kanyang nais. Ang kanyang pangunahing kontribusyon ay nagmula sa anyo ng isang buklet, Fundamenta Botanica (1736; "Ang Mga Batayan ng Botani"), na naka-frame ang mga prinsipyo at panuntunan na susundan sa pag-uuri at pagbibigay ng pangalan sa mga halaman.
Noong 1735 nakilala ni Linnaeus si Boerhaave, na nagpakilala kay Linnaeus kay George Clifford, isang lokal na negosyante ng Ingles at tagabangko na may malapit na koneksyon sa Dutch East India Company. Napansin ng kaalaman ni Linnaeus, inalok ni Clifford si Linnaeus bilang posisyon bilang curator ng kanyang hardin ng botaniko. Tinanggap ni Linnaeus ang posisyon at ginamit ang pagkakataong ito upang mapalawak ang ilang mga kabanata ng Fundamenta Botanica sa magkahiwalay na publication: Bibliotheca Botanica (1736; "The Library of Botany"); Critica Botanica (1737; "Isang Kritiko ng Botany"), sa botanical nomenclature; at Class Pl Plumum (1738; "Mga Klase ng Mga Halaman"). Inilapat niya ang teoretikal na balangkas na inilatag sa mga librong ito sa dalawang karagdagang mga publikasyon: Hortus Cliffortianus (1737), isang katalogo ng mga species na nilalaman ng koleksyon ni Clifford; at Genera Plantarum (1737; "Genera of Plants"), na binago at na-update ang mga kahulugan ng genera ng halaman na unang inaalok ng Tournefort.
Ang Genera Plantarum ay isinasaalang-alang ni Linnaeus na kanyang pangunahin na nakamit ang taxonomic na nakamit. Sa kaibahan sa mga naunang pagtatangka ng iba pang mga botanist sa pangkaraniwang kahulugan, na ipinagpapatuloy ng isang hanay ng mga di-makatwirang mga dibisyon, ipinakita ni Genera Plantarum ang isang sistema batay sa tinawag ni Linnaeus na "likas na mga character" ng genera - mga paglalarawan ng morpolohiya ng lahat ng mga bahagi ng bulaklak at prutas. Sa kaibahan sa mga sistema batay sa mga di-makatwirang mga dibisyon (kabilang ang kanyang sariling sekswal na sistema), ang isang sistema na batay sa mga likas na character ay maaaring mapaunlakan ang dumaraming bilang ng mga bagong species — na madalas na nagtataglay ng iba't ibang mga tampok na morphological - na ibinubuhos sa Europa mula sa mga poste ng pangangalakal at mga kolonya.
Ang pagkakaiba ni Linnaeus sa pagitan ng artipisyal at likas na pag-uuri ng mga organismo, gayunpaman, ay nagtaas ng tanong ng mekanismo na nagpapahintulot sa mga organismo na mahulog sa mga natural na hierarchies. Masasagot lamang niya ang katanungang ito tungkol sa mga species: species, ayon kay Linnaeus, ay katulad sa anyo dahil nagmula ito sa parehong parental ng magulang na nilikha ng Diyos sa simula ng mundo. Marami sa kanyang mga kapanahon ang nagbahagi ng isang katulad na konsepto ng species. Ang isa sa mga kapansin-pansin na personage ay ang French naturalist na si Georges-Louis Leclerc de Buffon, na nakikibahagi sa isang katulad na lahat ng sumasaklaw sa natural na proyekto ng kasaysayan noong panahong iyon - bagaman nag-aalinlangan si Buffon sa pagkakaroon ng likas na genera, order, o klase. Sinubukan ni Linnaeus na ipaliwanag ang pagkakaroon ng mga dibisyong ito sa loob ng konteksto ng hybridization; gayunpaman, ang tanong ng mga natural na hierarchies ay hindi makakatanggap ng isang kasiya-siyang sagot hanggang sa ipinaliwanag ng naturalistang Ingles na si Charles Darwin ang pagkakapareho sa pamamagitan ng karaniwang paglusong sa kanyang Pinagmulan ng Spesies (1859).
