Ayon sa kaugalian, ang tunog ng kulog sa maraming mga bundok at lambak ng Bhutan ay pinaniniwalaang tinig ng mga dragon, at ang bansa ay kilala bilang "Land of the Thunder Dragon" sa katutubong wika. Gayunpaman, ang disenyo ng dragon ng bandila ay maaaring naiimpluwensyahan ng mga katulad na disenyo na ginamit sa loob ng maraming siglo ng kalapit na Tsino. Sa mga claws nito ang dragon sa bandila ng grasps na hiyas, na nakatayo para sa pambansang kayamanan at para sa pagiging perpekto. Ang dragon, na orihinal na berde, ngayon ay puti, na sumisimbolo sa kadalisayan at katapatan ng iba't ibang mga pangkat etniko sa loob ng bansa. Ang kulay-dilaw na kulay kahel, na opisyal na inilarawan ng pamahalaang Bhutanese bilang dilaw, ay sinasagisag ng kapangyarihan ng hari, bilang pinuno ng sekular na gobyerno, habang ang orange-pula ay nauugnay sa Bka'-brgyud-pa (Kagyupa) at Rnying-ma-pa (Nyingmapa) sekta ng Buddhist at kasama ang pangako sa relihiyon ng bansa.
Ang eksaktong petsa ng pagpapakilala ng bandila na ito ay hindi alam, ngunit maaaring nangyari ito noong 1971 nang sumali si Bhutan sa United Nations. Hanggang sa 1960 ay ang Bhutan ay higit na nakasara sa labas ng mundo; ang mga ugnayang dayuhan nito ay isinagawa sa pamamagitan ng United Kingdom (1910–49) at sa India (mula 1949 hanggang 1960). Ang paghiwalay ng Bhutan at kakulangan ng isang baybayin na mahigpit na limitado ang mga pangyayari kung saan kinakailangan ang isang pambansang watawat.
