Sa kasaysayan ng watawat ng Kansas isang kakaibang pagkakaiba ang ginawa sa pagitan ng tinatawag na "banner ng estado" at ang "watawat ng estado." Ang isang banner ng estado ay unang pinagtibay noong Pebrero 27, 1925, na binubuo ng pangalan ng estado na nakasulat sa itaas ng selyo ng estado at itinakda sa isang background ng asul. Ang selyo ay naka-frame sa pamamagitan ng isang mirasol, na pinagtibay noong 1903 bilang ang simbolo ng floral ng estado. Noong Hunyo 30, 1953, ang pinuno ng estado ay napaka pinasimple; pagkatapos nito ay asul na may isang malaking bulaklak ng mirasol, kabilang ang isang brown center at gintong petals. Gayunpaman, alinman sa mga banner na ito, ay malawakang ginamit.
Ang watawat ng estado na pinagtibay noong Marso 23, 1927, ay karaniwang kinakatawan ng estado sa mga opisyal na okasyon. Ipinakita nito ang selyo ng estado nang walang mga inskripsiyon sa panlabas na rim nito; sa itaas ay ang crest ng Kansas na ginamit ng National Guard nito — isang naturalistic sunflower sa ibabaw ng isang heraldic torse (wreath) ng dilaw at asul. Itinaas ang mga reklamo na ang bandila na ito ay napakalapit sa disenyo ng marami sa iba pang mga estado na hindi ito madaling makilala. Kaya noong 1961, ang pangalan ng estado ay naidagdag sa ibaba ng selyo sa malalaking gintong liham. Ang mga pagbabago ay ginawa din sa disenyo ng selyo. Noong 1985 napagpasyahan na ang cabin ng homesteader sa selyo ay hindi na dapat magkaroon ng usok na nagbubuhos mula sa tsimenea nito at na ang kawan ng bison ay dapat na binubuo ng eksaktong limang hayop. Ang selyo, na mula pa noong 1861, ay napaka kumplikado sa paggawa kung ginawa alinsunod sa mga regulasyon.
