Ang unang watawat ng estado, na pinagtibay noong 1893 at dinisenyo ni Gng. Edward H. Center, ay nasa isang bukol na bahagi ng isang puting larangan na nagdadala ng selyo, ang pangalan ng estado, at 19 na mga bituin ng ginto na sumisimbolo sa Minnesota bilang ika-19 na estado upang sundin ang orihinal 13; ang reverse ng bandila ay asul na asul. Ang watawat na iyon ay hindi gaanong ginamit, sa bahagi dahil ang disenyo nito ay hindi madaling gawin sa dami. Noong Marso 19, 1957, isang bagong disenyo ang itinatag; ang background ng bandila, tulad ng maraming iba pang mga flag ng estado, mula noon ay maging asul sa magkabilang panig. Ang gitnang disenyo mula sa orihinal na watawat ng 1893 ay lumitaw sa pabilog na anyo sa magkabilang panig ng bagong watawat.
Noong Agosto 1, 1983, ang mga pagbabago ay ginawa sa selyo ng estado. Noong nakaraan ang Amerikanong Indian sa selyo ay ipinakita na tumatakas sa isang kanayunan sa bukid kung saan ang isang magsasaka ay nag-aararo habang ang kanyang musket at pulbos na sungay ay nagpapahinga sa malapit. Ang binagong disenyo ay kasama pa rin ang naka-mount na Indian at iba pang mga simbolo, ngunit iniiwasan nito ang orihinal na mungkahi na ang pagsulong ng sibilisasyon ay nangangailangan ng pag-alis ng mga orihinal na naninirahan sa lupain. Ang natitira rin sa selyo ay ang mga representasyon ng St Anthony Falls, isang setting ng araw, at isang hangganan ng mga bulaklak na tsinelas ng ginang kasama ang mga petsa ng unang pag-areglo sa Europa sa Minnesota (1819), ang pagpasok nito sa pamamahala (1858), at ang pag-aampon. ng unang watawat ng estado. Ang motto ng estado, "L'Étoile du nord" ("Star ng hilaga"), ay ipinapakita sa isang pulang laso. (Bago ang pagpasok ng Alaska sa unyon, ang Minnesota ay ang pinakamalayong estado.)
