Bilang bahagi ng Trust Territory na pinamamahalaan ng Estados Unidos ng Islands ng Pacific (TTPI), si Palau ay nasa ilalim ng mga watawat ng United Nations, Estados Unidos, at Trust Teritoryo. Ang lokal na pagnanais para sa isang hiwalay na estado at pamahalaan ay natanto noong Enero 1, 1981, at isang bandila ng Palauan ay hinimas sa okasyong iyon. Ang isang kumpetisyon ay ginanap noong 1979 na nagresulta sa higit sa isang libong mga panukala; ang isang napili ay nilikha ni Blau Skebong at naaprubahan ng bagong pamahalaan noong Oktubre 22, 1980. Ginagamit pa rin ang watawat na ito ngayon.
Ang gintong disk ay kumakatawan sa buwan, na may espesyal na kahulugan para sa kultura ng Palauan. Ang buong buwan ay tradisyonal na itinuturing na pinakamahusay na oras para sa pangingisda, pagtatanim, at iba pang mga aktibidad. Sinasabing bigyan ang mga lokal na mamamayan ng "pakiramdam ng init, katahimikan, kapayapaan, pag-ibig at pagkakaisa sa tahanan." Ang background ng bandila ay hindi, tulad ng inaasahan, isang simbolo ng Karagatang Pasipiko; sa halip, ito ay tumutukoy sa "pangwakas na daanan ng dayuhang nangangasiwang awtoridad mula sa aming lupain." Ang ganap na kalayaan ay hindi nakamit ng Palau hanggang Oktubre 1994, ngunit walang pagbabago sa bandila sa oras na iyon. Ang orihinal na watawat ng 1981 ay napanatili sa Palau Museum sa kabisera, Koror. Ang watawat ng Palauan ay katulad sa disenyo sa watawat ng Bangladesh, ngunit ang dalawa ay may iba't ibang kulay at simbolo.
