Bagaman may mga paggalaw sa secessionist sa Panama nang bahagi ito ng Colombia noong ika-19 na siglo, walang kinikilalang watawat ng Panamanian. Noong 1903, nang tanggihan ng senado ng Colombia ang iminungkahing kasunduan sa Estados Unidos na magkakaloob para sa pagtatayo ng isang kanal ng Panama, tinulungan ng mga Amerikano ang kilusang kalayaan ng Panamanian, at nabuo ang Republika ng Panama.
Sa una ay iminungkahi ang isang disenyo ng watawat na ginamit ang mga kulay ng watawat ng Colombian. Ito ay binubuo ng pantay na pahalang na guhitan ng pula at dilaw na may asul na canton na nagdadala ng dalawang naka-link na dilaw na araw, na sumisimbolo sa pag-uugnay ng dalawang halves ng planeta sa hinaharap na Canal ng Panama. Ang disenyo ng watawat na sa wakas ay napili ay naging opisyal noong Hulyo 4, 1904; hinati ito quarterly sa dalawang bituin. Ang ipinakitang simbolismo ay ang pagpapalit ng dalawang pangunahing partidong pampulitika sa gobyerno (sa una, ang pula ay para sa mga liberal, asul para sa mga konserbatibo, at puti para sa kapayapaan sa pagitan nila), kahit na ang mga kulay at bituin ay malinaw na naiintindihan sa impluwensya ng bandila ng Ang nagkakaisang estado. Ang watawat ng Panamanian ay dinisenyo ni Manuel E. Amador, anak ng unang pangulo ng bagong republika.
