Si Michael Haydn, sa buong Johann Michael Haydn, (nabautismuhan noong Setyembre 14, 1737, Rohrau, Austria — namatay noong Agusto 10, 1806, Salzburg), isa sa mga pinakamatagumpay na kompositor ng musika sa simbahan sa huling bahagi ng ika-18 siglo. Siya ang nakababatang kapatid ni Joseph Haydn.
Tulad ng kanyang kapatid, si Michael Haydn ay naging isang choirboy sa St. Stephen's Cathedral sa Vienna, na natanggap ang kanyang maagang pagtuturo sa musika doon. Siya ay pinalabas mula sa paaralan ng koro nang pumutok ang kanyang tinig, at pagkatapos ay kumita siya ng isang katiyakang pamumuhay bilang isang musikero sa malayang trabahador. Noong 1757 siya ay naging kapellmeister sa obispo ng Grosswardein sa Hungary (ngayon Oradea, Rom.), At noong 1762 siya ay naging tagapagturo sa arsobispo ng Salzburg. Nanatili siya sa Salzburg bilang konsulta sa buong buhay niya at nagtagumpay si Wolfgang Amadeus Mozart bilang katedral na organista noong 1781.
Sa kanyang buhay si Michael Haydn ay itinuturing na isang mas mahusay na kompositor ng musika sa simbahan kaysa sa kanyang kapatid. Sa maraming masa na isinulat niya, si Missa isang due cori (na kilala rin bilang Missa Hispanica; 1786) ay isang pambihirang gawain para sa orkestra at vocal soloists, at ang kanyang Requiem ng 1771 ay naiimpluwensyahan ang sariling sikat na Requiem ng Mozart na 1791. Si Haydn ay nagsulat din ng maraming symphonies, divertimenti, at iba pang mga sekular na komposisyon. Siya ay isang matalik na kaibigan ni Mozart (na nagsulat ng kanyang violin-viola duos upang matupad ang isang komisyon na si Haydn ay masyadong may sakit upang makumpleto) at naging guro ni Carl Maria von Weber. Matapos ang kanyang kamatayan, ang reputasyon ni Haydn ay nagdusa ng isang mahabang paglalaho, at hindi pa matapos ang Ikalawang Digmaang Pandaigdig na muling kinikilala ang kanyang merito.
