Ang Comayagua, lungsod, kanluran-gitnang Honduras, sa kanang pampang ng Ilog Humuya sa isang mayabong na libis.
Itinatag noong 1537 bilang Valladolid de Santa María de Comayagua, ang lungsod ay nagsilbing kolonyal na kapital ng Espanya ng lalawigan ng Honduras. Ang isang pagkakaiba-iba ng pangalan nito, Comayaguela, ay ginagamit para sa distrito ng gobyerno ng Tegucigalpa. Nagdusa ito sa pinsala sa kaguluhan sa politika ng ika-19 na siglo ng Honduras at pakikipagtunggali kay Tegucigalpa para sa posisyon ng pambansang kapital, ngunit noong 1880 lamang ang kapital na sa wakas ay inilipat sa Tegucigalpa. Nagdulot din ng pinsala ang lungsod mula sa maraming lindol at paulit-ulit na sunog.
Kasama sa mga kolonyal na gusali ang isang kilalang katedral ng Baroque ng Espanya (1715), apat na ika-16 na siglo na simbahan, at isang dating unibersidad — ang una sa Gitnang Amerika, na itinatag noong 1632. Ang Comayagua ay gumagawa ng mga parmasyutiko, sapatos, resins, mga produkto ng semento, at seramika; ito ang sentro ng komersyal para sa kanlurang Honduras. Ang pambansang Agrikultura Center ay matatagpuan sa lungsod. Karamihan sa bayan, kabilang ang katedral at gitnang parke, ay na-renovate upang maibalik ang kolonyal na kapaligiran ng kolonyal at natatanging kagandahan.
Ang Inter-Oceanic Highway ay dumaan sa lungsod. Ang Comayagua ay mayroon ding airfield, na na-upgrade noong unang bahagi ng 1980 sa isang base ng militar ng militar. Sa labas lamang ng Comayagua ay ang Palmerola, ang punong base ng militar ng US sa Honduras, na ibinahagi sa Honduran air force. Pop. (2001) 55,368; (2013) 92,883.
