Sa ilalim ng pamumuno ng dinamikong unang punong ministro nito, si Barthélemy Boganda, isang awtonomikong republika ay naiproklama noong Disyembre 1, 1958. Ang bansa ay dating kolonya ng Pransya ng Ubangi-Shari (Oubangui-Chari), ngunit pinalitan ito ng Boganda na Republika ng Gitnang Aprika at dinisenyo ang pambansang watawat. Walang mga pagbabago na ipinakilala sa disenyo ng watawat kapag nakamit ang kumpletong kalayaan noong Agosto 13, 1960, o sa panahon ng mga taon 1976-77, nang ang pinuno ng militar na si Jean-Bédel Bokassa ay kumuha ng imperyal mantle sa kanyang pagpapahayag ng Central Africa Empire.
Ang disenyo ng watanda ni Boganda ay sagisag na nagpahayag ng kanyang kamalayan na ang Pransya at Africa ay dapat na magkasama. Pinagsama niya ang asul, puti, at pula ng French Tricolor kasama ang pan-African pula, dilaw, at berde upang ipakita ang pagkakaisa sa pagitan ng dalawang sibilisasyong ito. Isang dilaw na bituin ang lumitaw sa sulok ng hoist bilang gabay para sa pag-unlad sa hinaharap at isang sagisag ng pagkakaisa. Ang asul ay sinasabing paninindigan para sa kalayaan, kamahalan, at kalangitan, habang ang puti ay para sa kadalisayan, pagkakapantay-pantay, at kandila. Kinakatawan ng Green ang mga kagubatan ng bansa, iminungkahi ng dilaw ang mga savannas nito, at ang pula ay para sa karaniwang dugo ng lahat ng sangkatauhan. Ang ugnayan sa pagitan ng mga taga-Europa at mga taga-Africa ay naipakita sa pulang vertical na guhit na tumatawid sa iba pang apat na kulay.
