Ang Partido ng Africa para sa Kalayaan ng Guinea at Cape Verde (PAIGC) ay natagpuan ang handa na suporta sa mga kolonyang Portuges para sa mensahe ng pagsulong sa lipunan at pang-ekonomiya sa pamamagitan ng rebolusyong pampulitika. Noong 1961, pinagtibay nito ang isang watawat na katulad ng sa mga kalapit na independyenteng mga bansa ng Guinea at Ghana, na pagkatapos ay tinalakay ang isang hinaharap na pederasyon ng mga lupain ng West Africa. Sa kanilang pan-Africa na pula-dilaw-berde, ang kilusan ng pagpapalaya para sa Guinea-Bissau ay nagdagdag ng isang itim na bituin sa hoist stripe. Ang guhit at bituin na iyon ay tumutugma sa heograpiya sa kanlurang rehiyon ng baybayin kasama ang kabisera nito, ang Bissau (kung saan nagmula ang pambansang pangalan). Ang mga pahalang na guhitan sa natitirang bahagi ng bandila at ang kanilang mga dilaw at berde na kulay ay halos katumbas sa mga savannas ng hilaga at ang mga kagubatan ng timog.
Opisyal na ang itim na bituin ay sinabi na isang simbolo ng pamunuan ng PAIGC, ang kulay nito na tumutukoy sa mga mamamayang Aprikano at ang kanilang pagpapasiya na mamuhay sa dignidad, kalayaan, at kapayapaan. Ang dilaw ay binibigyang kahulugan bilang simbolo ng ani at ang mga bunga ng trabaho, kapwa sa agrikultura at kung hindi man. Naalala ni Green ang malawak na jungles at ang mga lupang pang-agrikultura, na nagbigay ng kabuhayan para sa karamihan ng mga mamamayan. Isinama rin ng watawat ng partido ang mga inisyal na PAIGC, na tinanggal kung ang kalayaan ay naiproklama noong Setyembre 24, 1973. Hindi kinilala ng Portugal ang Guinea-Bissau o bandila hanggang sa matapos ang sariling rebolusyon noong 1974; gayunpaman, ang karamihan sa Guinea-Bissau ay nasa kontrol ng PAIGC at bandila nito. Sa kalaunan ay pinabayaan ni Cape Verde ang Marxist na politika ng PAIGC at binago ang pambansang watawat, ngunit pinanatili ng Guinea-Bissau ang orihinal na disenyo.
