Ang Kalayaan para sa Gitnang Amerika ay unang inihayag noong Setyembre 15, 1821, ngunit nasakop ng Mexico ang lugar sa loob ng dalawang taon. Ang watawat ng bagong independiyenteng United Provinces of Central America ay pinagtibay noong Agosto 21, 1823, at binubuo ng mga bughaw-puting-asul na guhitan na may pambansang amerikana ng braso sa gitna. Kasama sa mga bisig na iyon ang parehong mga elemento ng disenyo na ginagamit ng Nicaragua ngayon. Kahit na matapos ang limang mga estado ng miyembro ng federasyon ay naging mga independiyenteng mga bansa, ang Nicaragua ay nagpatuloy sa pag-hoist sa lumang bandila. Sa wakas, noong 1854, isang bagong pahalang na Nicaraguan tricolor ng dilaw-puti-iskarlata ang napili, ngunit hindi ito lumipad nang matagal. Ang digmaang sibil at interbensyon ng mga filibuster ng Hilagang Amerika (mga tagabuo ng militar) kasunod nito ay nagresulta sa maraming mga bandila na ipinakilala at mabilis na pinalitan.
Noong 1908, ang dating watawat ng pederasyon ay nabasa bilang pambansang banner ng Nicaragua, na may naaangkop na pagbabago sa amerikana. Ang pangunahing disenyo, na may karagdagang mga pagbabago sa amerikana, ay muling pinatunayan ng batas ng Agosto 27, 1971, bagaman ang pula-itim na pahalang na bicolour ng kilusang Sandinista ay de facto isang pangalawang pambansang watawat sa mga taon ng panuntunan ni Sandinista (1979 -90). Ang coat of arm sa bandila ay may kasamang tatsulok para sa pagkakapantay-pantay, isang liberty cap para sa kalayaan, at limang bulkan sa pagitan ng dalawang karagatan, sinasagisag ng limang orihinal na mga bansa sa Gitnang Amerika sa pagitan ng mga basurong karagatan ng Atlantiko at Pasipiko.
