Si Gene Shoemaker, palayaw ng Eugene Merle Shoemaker, (ipinanganak noong Abril 28, 1928, Los Angeles, Calif., US — namatay Noong Hulyo 18, 1997, malapit sa Alice Springs, N.Terr., Austl.), American astrogeologist na — kasama ang kanyang asawa, Carolyn Shoemaker, at David H. Levy — natuklasan ang Shoemaker-Levy 9 kometa noong 1993.
Tumanggap si Shoemaker ng isang bachelor's degree sa geology mula sa California Institute of Technology at isang titulo ng doktor mula sa Princeton University. Nagtrabaho siya para sa US Geological Survey (USGS) mula 1948 hanggang 1993, na nagsisilbing emeritus ng siyentipiko. Noong 1960 ay itinatag niya ang branch ng astrogeology ng USGS at kasunod nito ang sentro ng astrogeology sa Flagstaff, Ariz. Nabanggit siya sa pagtulong upang kumpirmahin ang pinagmulan ng epekto (sa halip na bulkan na pinagmulan) ng site na ngayon ay kilala bilang Meteor Crater sa Arizona at para sa ang kanyang trabaho sa National Aeronautics and Space Administration (NASA) sa mga misyon ng pag-explore ng lunar.
Bagaman hindi sinanay bilang isang siyentipiko, ang asawa ni Shoemaker na si Carolyn, ay kumuha din ng aktibong interes sa astronomiya. Magkasama sila ay naging isang matagumpay na koponan ng comet-spotting na nagsisimula sa 1980s. Pagsapit ng unang bahagi ng 1990 ay natuklasan ni Carolyn ng 32 kometa ang kanyang kredito, at pinasasalamatan si Gene na may 29. Noong Marso 1993, ang koponan ng mga Shoemakers kasama ang kapwa mangangaso na si Levy sa Palomar Observatory sa southern California upang makilala ang pinagputol-putol na kometa, na kalaunan ay nagngangalang Shoemaker-Levy 9, sa orbit sa paligid ng planeta na Jupiter. Noong Hulyo 1994, ang mga Shoemaker at Levy ay nagbalisa nang sabik sa pamamagitan ng mga teleskopyo upang mapanood ang ilang mga pangunahing fragment ng komet pummel Jupiter, na nagbibigay ng isang nakamamanghang palabas para sa mga tagamasid sa langit sa buong mundo.
Namatay si Gene makalipas ang tatlong taon sa isang aksidente sa kotse habang ang mag-asawa ay nasa disyerto ng Australia na nag-aaral ng mga epekto sa mga crater.
