Bilang arsobispo
Para sa halos isang taon pagkatapos ng pagkamatay ni Theobald, walang laman ang nakikita sa Canterbury. May kamalayan si Thomas sa hangarin ng hari at sinubukan na pigilan siya sa pamamagitan ng mga babala sa kung ano ang mangyayari. Nagpumilit si Henry at nahalal si Thomas. Kapag inilaan, binago ni Thomas ang kanyang pananaw at ang paraan ng kanyang pamumuhay. Siya ay naging tapat at austere at niyakap ang integral na programa ng papacy at ang canon law. Ang kamangha-manghang pagbabago na ito ay nag-aliw sa mga istoryador, at maraming mga paliwanag ang tinangka: na si Thomas ay nakalalasing sa kanyang ambisyon upang mangibabaw o na itinapon niya ang kanyang sarili, tulad ng dati, sa isang bahagi na sumang-ayon siyang maglaro. Ito ay mas simple na ipagpalagay na tinanggap niya sa wakas ang mga espiritwal na tungkulin na hindi niya pinansin bilang chancellor at naging isang bagong channel ang kanyang halo-halong enerhiya, lakas ng pagkatao, kawalang-sigla, at pagpapakita. Lubha sa hindi pagkagusto ni Henry, agad siyang nagbitiw sa chancellorship ngunit kumapit sa archdeaconry hanggang pinilit ng hari na magbitiw.
Si Henry ay nasa Normandy mula pa noong Agosto 1158, at sa kanyang pag-uwi noong Enero 1163 sinimulan ni Thomas ang pakikibaka sa pamamagitan ng pagsalungat sa isang panukalang buwis at pagpapalabas ng isang nangungunang baron. Mas seryoso ang kanyang saloobin sa usapin ng "mga kriminal na clerks." Sa kanlurang Europa, ang mga akusadong pari ay matagal nang nagtamasa ng pribilehiyo na tumayo sa harap ng obispo sa halip na mga sekular na korte at karaniwang tumatanggap ng mas banayad na parusa kaysa sa mga lay court ay masuri. Sa England bago ang Norman Conquest ito pa rin ang kaugalian. Kung napatunayang nagkasala sa isang korte ng simbahan, ang mga klerigo ay maaaring masiraan o itapon ngunit hindi mananagot sa kamatayan o pagbubutas. Sa loob ng 60 taon pagkatapos ng Norman Conquest, kakaunti ang naririnig ng mga clerical na krimen o parusa nito, habang sa Continental Gregorian mga repormador ay may kaugaliang bigyang-diin ang nag-iisang karapatan ng simbahan na subukan at parusahan ang mga clerks sa mga pangunahing utos. Ang posisyon ni Thomas, na ang isang nagkakasala na klerk ay maaaring masiraan ng loob at parusahan ng obispo ngunit hindi dapat parusahan muli sa pamamagitan ng lay awtoridad - "hindi dalawang beses para sa parehong pagkakasala" - hindi maaaring talakayin at sa huli ay mananaig. Ang pagtatalo ni Henry na ang krimen sa clerical ay nagagalit at na hinikayat ito sa pamamagitan ng kawalan ng marahas na parusa ay pinuri ang sarili sa mga modernong mambabasa bilang isang patas. Ngunit dapat alalahanin na ang mga motibo ng hari ay may awtoridad at administratibo sa halip na naliwanagan. Gayunpaman, maaaring isipin na si Thomas ay hindi pinapayuhan sa kanyang mahigpit na paninindigan sa puntong ito.
Ang isyu ay sumali sa isang konseho sa Westminster (Oktubre 1163), ngunit ang krisis ay dumating sa Clarendon (Wiltshire, Enero 1164), nang hiningi ng hari ang isang pandaigdigang katiyakan sa lahat ng tradisyunal na karapatang hari, nabawasan sa pagsulat sa ilalim ng 16 mga ulo at kilala bilang ang Konstitusyon ng Clarendon. Iginiit nito ang karapatan ng hari na parusahan ang mga kriminal na clerks, ipinagbabawal ang excommunication ng mga opisyal ng hari at apela sa Roma, at binigyan ang hari ng mga kita ng mga bakanteng nakikita at ang kapangyarihang maimpluwensyahan ang episcopal elections. Nabigyang-katwiran si Henry sa pagsasabi na ang mga karapatang ito ay ginamit ni Henry I, ngunit nabigyan din ng katwiran si Thomas sa pagpapanatili na lumabag sila sa batas ng simbahan. Si Thomas, pagkatapos ng pagtanggap ng mga Konstitusyon ng Clarendon, ay binawi ang kanyang pagsang-ayon at umapela sa papa, kung gayon sa Pransya, na sumuporta sa kanya habang tinatanggal ang pag-uusig ng pag-asa.
Quarrel kasama si Henry
Ang mabuting ugnayan nina Thomas at Henry ay natapos na; ang arsobispo ay tinawag upang subukan ng hari sa isang punto ng pyudal na obligasyon. Sa Konseho ng Northampton (Oktubre 6–13, 1164), malinaw na inilaan ni Henry na sirain at bilangguan o upang pilitin ang pagbibitiw sa arsobispo. Dito ay hinikayat siya ng ilan sa mga obispo, kasama sa kanila si Gilbert Foliot, obispo ng London. Tumakas si Thomas na hindi nagtago at nagtago kay Louis VII ng Pransya. Tinanggap siya ni Pope Alexander III nang may karangalan ngunit nag-atubiling kumilos nang walang pasubali sa kanyang pag-asa sa takot na maaaring ihagis niya si Henry sa mga bisig ng Banal na emperador na si Frederick I at ang kanyang antipop, si Paschal III.
Ang pagpapatapon ni Thomas ay tumagal ng anim na taon (Nobyembre 2, 1164 - Disyembre 2, 1170). Sinamahan siya ng marami sa kanyang kagalang-galang na sambahayan at nanirahan nang una, una sa Pontigny Abbey at pagkatapos, nang banta ni Henry ang mga monghe, sa isang abbey malapit kay Sens. Si Henry ay pansamantala ay nakuha ang mga pag-aari ng arsobispo at ang kanyang mga tagasuporta at pinatapon ang lahat ng malapit ni Thomas. kamag-anak. Sa mga sumunod na taon maraming mga pagsusumikap ng pagpapalaglag ay ginawa sa pagkakasundo, ngunit ang mga bagong gawa ng poot ng hari at mga pahayag ng excommunication na hinagis ni Thomas sa kanyang mga kalaban ay nagbubunga ng mga pakikibaka.
Nahati ang mga obispo, ngunit ang karamihan sa kanila, na pinamumunuan ni Foliot, ay alinman sa pagalit kay Thomas o nag-aalangan sa pagsuporta sa kanya. Ang mga titulo ng Papal ay higit sa isang beses na sinikap na mamagitan, at ang hari at ang arsobispo ay nagsama-sama sa Montmirail noong 1169, lamang na nahati sa galit. Si Thomas ay hindi pinagkatiwalaan ang hari at siya namang, kinasusuklaman siya. Sa parehong taon, inilabas ni Henry ang mga karagdagan sa mga Konstitusyon ng Clarendon, na halos umatras sa Inglatera mula sa pagsunod sa papa. Sa wakas, noong 1170, pinangalanan niya ang kanyang panganay na anak na lalaki na nakoronahan bilang co-king ng arsobispo ng York, ang dating karibal ni Becket.
Ito ay isang mabangis na paglabag sa pagbabawal ng papal at ng walang kahanga-hangang karapatan ng Canterbury upang makoronahan ang hari. Si Thomas, na sinundan ng papa, ay nagpagulo ng lahat na may pananagutan. Si Henry, na natatakot sa isang interdict para sa Inglatera, ay nakilala si Thomas sa Fréteval (Hulyo 22), at napagkasunduan na si Thomas ay dapat bumalik sa Canterbury at tanggapin ang lahat ng pag-aari na nakikita. Wala rin ang partido na umatras mula sa kanyang posisyon patungkol sa Konstitusyon ng Clarendon, na sa pagkakataong ito ay hindi nabanggit. Ang "bukas na" concordat na ito ay nanatiling isang hindi maipaliwanag na kaganapan. Si Thomas ay bumalik sa Canterbury (Disyembre 2) at natanggap nang may sigasig, ngunit ang karagdagang ekskomunikasyon ng mga masasamang lingkod ng hari, ang pagtanggi na itaas ang ekskomunikasyon ng Roger ng York at Foliot, at ang kanyang handa na pagtanggap ng matindi na pag-aalsa ng mga madla na nagalit kay Henry sa Normandy.
