Nang dumating ang kapangyarihan ng mga Sobyet sa West Turkestan, na nangangako ng pagkakapantay-pantay at kaunlaran para sa lahat ng mga pangkat etniko, nakuha ng mga Kyrgyz ang kanilang sariling awtonomikong rehiyon noong 1924. Noong 1926, itinaas ito sa katayuan ng isang awtonomikong republika, at noong 1936 ito ay naging isang unyon. republika sa loob ng USSR Noong 1953 ang Kirgiz SSR ay nagpatibay ng isang binagong bersyon ng Soviet Red Banner sa pamamagitan ng pagdaragdag ng isang puting-hangganan na asul na pahalang na guhit sa gitna. Matapos ipahayag ng Kyrgyzstan ang kalayaan nito noong Agosto 31, 1991, nagpatuloy itong gamitin ang watawat ng Sobyet hanggang Marso 3, 1992.
Ang background ng bagong watawat, na ginagamit pa rin ngayon, ay pula, ngunit sinabi ito na nagmula sa isang watawat na dala ng pambansang bayani ng Kyrgyz, si Manas na Noble. Sa gitna ng bandila ay isang dilaw na araw na may 40 ray, na naaayon sa mga tagasunod ng Manas at mga tribo na pinagsama niya; ang karagdagang mga simbolikong katangian nito ay ilaw, kadakilaan, at kawalang-hanggan. Sa araw na iyon ay isang pula-at-dilaw na sagisag na may dalawang cross set ng tatlong linya bawat isa, lahat sa loob ng isang singsing. Ito ay isang naka-istilong view ng bubong ng tradisyonal na bahay ng Kyrgyz, ang yurt. Ilang Kyrgyz ay naninirahan pa sa mga yurts, ngunit hanggang sa kalagitnaan ng ika-20 siglo ang isang nakararami sa mga taong ito na nomadic ay nagtatag ng yurts saan man sila manlalakbay. Ang simbolikong kahulugan ng disenyo na ito ay detalyado: ang batas ng watawat ay nagsasalita tungkol sa pinagmulan ng buhay, pagkakaisa ng oras at puwang, ang kasaysayan ng mga Kyrgyz na tao, pagkakaisa, at apuyan at tahanan.
