Ang Konseho ng Trent.
Noong Mayo 1536, naglathala si Pope Paul ng isang toro ng convocation para sa kanyang iminungkahing konseho na gaganapin sa Mantua. Pinayagan din niya ang isang piling pangkat ng mga kardinal upang maglabas ng ulat tungkol sa mga pang-aabuso sa loob ng simbahan. Pinangunahan ni Cardinal Gasparo Contarini, tinanggihan ng pangkat na ito ang pag-orden ng mga hindi maayos na inihandang pari, ang pagpili ng mga walang kakayahan na mga obispo, ang akumulasyon ng mga benepisyo, at ang pagkabulok ng mga utos ng relihiyon, pangangaral, at pangangalaga ng mga kaluluwa. Ang ulat, gayunpaman, nahulog sa mga kamay ng mga Protestante at ginamit ni Luther sa isang marahas na pag-atake sa Simbahang Romano at ang papado. Gayunpaman, itinuloy ng Papa ang kanyang mga plano na gaganapin ang konseho, na nakatakdang buksan sa Mayo 23, 1537, sa Mantua. Sa walang katapusang pasensya, hinahangad ni Paul na mapaglabanan ang oposisyon ng Emperor, mga hari, prelates, at mga prinsipe, proroguing at ipagpaliban ang pagbubukas ng konseho nang paulit-ulit sa paglipas ng siyam na taon, ngunit sa wakas ay nagtagumpay sa pagpapasinaya nito sa kanyang legate, Cardinal Giovanni del Monte, sa Trent noong Disyembre 13, 1545.
Kaugnay sa pagpapahiwatig ng mga Protestante, iginiit ng Emperor na ang konseho ay nakakulong mismo sa pagharap sa disiplina at reporma. Gayunpaman, ang desisyon ng Papa na ang mga bagay na pang-doktrina ay mabigyan ng kahusayan, at, sa mga unang sesyon nito, pinalabas ng Konseho ng Trent ang mga pagpapasya sa kanon ng Kasulatan, orihinal na kasalanan, katwiran, at mga sakramento, gayundin sa reporma. Ang mga takot sa salot at pananakot ng isang pag-atake ng armadong Protestanteng pwersa ay nag-udyok sa Papa na tanggapin ang paglipat ng konseho sa Bologna noong Pebrero 1548. Ngunit ipinagbawal ng Emperor ang prelates ng Espanya at Aleman na magtungo sa Bologna, at kinailangan ng Papa na suspindihin ang Konseho noong Setyembre 17, 1549. Gayunpaman, ang unang yugto ng Konseho ng Trent ay nakamit ang isang malaking hakbang pasulong, na humantong sa isang masusing reporma sa pagtuturo at disiplina ng Simbahan.
Sa kabuuan ng kanyang papa, si Pope Paul ay madalas na dumalaw sa mga lugar ng problema sa Papal States at higit pa. Nasa Civitavecchia siya noong 1535 at 1537; binisita ang Lucca at Piacenza sa kanyang paglalakbay sa Nice noong 1538; lumitaw sa Perugia upang pahinahon ang lungsod matapos na masira ng kanyang puwersa ang kapangyarihan ng pamilyang Colonna noong 1540; at noong 1543 ay dumalaw sa Bologna papunta sa Busseto upang salubungin ang Emperor.
