Mga konspirasyong Katoliko at ang Spanish Armada
Ang mga lihim na pagsisikap na iyon ay direktang hahantong sa pagkakalantad ng dalawang higit pang malubhang mga plano upang itiwalag si Elizabeth at ibalik ang Katolisismo sa England. Ang isang tiktik sa embahada ng Pransya sa London — na marahil ay nakilala bilang Giordano Bruno (pagsulat sa ilalim ng pangngalan na si Henry Fagot), isang lapsed na Dominikanong Pranses na makamit ang nabantog bilang isang freethinking na pilosopo ng Renaissance ng Italya - naalerto si Walsingham sa clandestine na sulat sa Si Maria na na-rampa sa embahada. Ang balangkas ay nasira sa pag-aresto sa punong go-sa pagitan, si Francis Throckmorton, noong Nobyembre 1583. Sa kanyang pag-aari ay mga sumasakit na mga dokumento, kasama ang isang mapa ng mga port ng pagsalakay at isang listahan ng mga tagasuporta ng Katoliko sa England. Sa ilalim ng pagpapahirap, inihayag ni Throckmorton ang isang plano para sa pagsalakay sa England ng mga tropa ng Espanya at Pranses na sumasabay sa pagtaas ng mga tagasunod ni Mary. Ang embahador ng Espanya ay pinalayas at pinutol ang mga contact sa diplomatikong sa Spain.
Ang pangalawang pagsasabwatan, ang Babington Plot (na pinangalanan para sa pagsasabwatan na si Anthony Babington), ay nakalantad noong Agosto 1586 sa tulong ng mga dobleng ahente ng Walsingham at mga eksperto sa code, na, hindi nakilala sa mga ahente ni Mary, ay talagang nagbibigay ng kanilang mga paraan upang makipag-usap kay Mary sa pamamagitan ng mga naka-code na sulat smuggled sa loob ng isang bariles ng beer. Itinatag ng mga liham ang pagiging kumplikado ni Maria sa pagsisikap na palayasin si Elizabeth, na humahantong sa paglilitis, pananalig, at pagpatay kay Maria.
Ang obra sa intelektwal ng Walsingham ay magpapatunay din na nakatutulong sa darating na digmaan sa Espanya. Tumulong siya upang i-mask ang paghahanda para sa sorpresa ni Sir Francis Drake sa Cádiz Harbour noong Abril 1587 sa pamamagitan ng pagpapakain ng isang sinasadyang maling ulat tungkol sa mga plano ni Drake sa Ingles na embahador sa Paris, na wastong naganap si Walsingham ay nasa bayad ng mga Espanyol. Ang maraming mga espiya ni Walsingham ay nagbigay ng detalyadong mga ulat ng paghahanda ng Espanya para sa paglalayag ng Armada laban sa England noong Hulyo 1588.
Si Walsingham ay ikinasal ng dalawang beses (kapwa beses sa mga biyuda na kababaihan): kay Anne Barnes Carleill (minsan ay nabaybay kay Carlyle) noong 1562 at, pagkamatay niya, kay Ursula St. Barbe Worseley noong 1566. Ang kanyang anak na babae na si Frances (1567–1632) ay nag-asawa ng magkakasunod na dalawa ng mga pinakatanyag na pigura ng panloob na bilog ni Elizabeth: ang makata at tagapaglingkod na Sir Sir Sid Sidney (1583) at Robert Devereux, ang ika-2 hikaw ni Essex (1590), isang paborito ng Elizabeth's na isinagawa para sa pagtataksil noong 1601 kasunod ng isang abortive pagtatangka. (Ang kanyang pangatlong asawa ay si Richard Burke, ika-4 na tainga ng Clanricarde.) Ang Walsingham ay binigyan ng maraming mga kagustuhan at mga estima mula sa korona, kasama ang manor ng Barn Elms, malapit sa Richmond Palace. Ngunit siya ay tila namatay sa malaking utang, sa bahagi mula sa pagkakaroon ng mga utang ng estate ni Sidney.
