Dating isang kolonya ng Britanya, si Seychelles ay naging independyente noong Hunyo 29, 1976. Ang bandila na nakakabit sa oras na iyon ay may alternating tatsulok ng asul at pula, na pinaghiwalay ng isang puting dayagonal na krus. Marahil hindi sinasadya, ang watawat na iyon ay halos eksaktong kapareho ng isa na ginamit ng Australasian United Steam Navigation Company, na ang mga barko ay regular na dumalaw sa mga isla noong unang bahagi ng ika-20 siglo. Ang watawat ay hindi nagtagal: isang rebolusyon ang naganap noong Hunyo 5, 1977, sa ilalim ng pamumuno ng Seychelles People's United Party (SPUP). Ang bagong watawat ay nagkaroon ng red-over-green na pahalang na guhitan na pinaghiwalay ng isang kulot na puting banda, na pareho sa watawat ng SPUP maliban sa pagkawala ng isang dilaw na araw sa gitna.
Noong 1993, ang panggigipit mula sa mga dayuhang kapangyarihan na humantong sa demokrasya ng gobyerno. Nawalan ng monopolyo ang naghaharing partido sa mga halalan, at ang pakikilahok ng iba pang mga partido sa gobyerno ay humantong sa isang kahilingan para sa isang hindi gaanong partisan pambansang bandila. Inaprubahan ng Parlyamento ang isang disenyo na isinasama ang mga kulay ng iba't ibang mga partido sa isang watawat na na-ho noong Hunyo 18, 1996. Ang mga kulay ng watawat ay asul (para sa langit at dagat), dilaw (para sa nagbibigay ng buhay na araw), pula (para sa mga tao at ang kanilang gawain para sa pagkakaisa at pag-ibig), puti (para sa katarungang panlipunan at pagkakaisa), at berde (para sa lupa at natural na kapaligiran).
